Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD3Q12873 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
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