Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms