Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA9P31269 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.6 ms