Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms