Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
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