Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.2 ms