Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
HOXA9P31269 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
HOXA9P31269 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA9P31269 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms