Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms