Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms