Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC87Q9NVE4 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms