Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.7 ms