Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CTCFP49711 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CTCFP49711 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CTCFP49711 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CTCFP49711 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CTCFP49711 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CTCFP49711 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CTCFP49711 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CTCFP49711 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CTCFP49711 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CTCFP49711 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CTCFP49711 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CTCFP49711 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CTCFP49711 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CTCFP49711 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CTCFP49711 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CTCFP49711 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CTCFP49711 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CTCFP49711 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CTCFP49711 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CTCFP49711 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CTCFP49711 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CTCFP49711 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CTCFP49711 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CTCFP49711 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CTCFP49711 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CTCFP49711 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CTCFP49711 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CTCFP49711 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CTCFP49711 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CTCFP49711 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CTCFP49711 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CTCFP49711 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CTCFP49711 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms