Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms