Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms