Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms