Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP3Q7Z494 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP3Q7Z494 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP3Q7Z494 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP3Q7Z494 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP3Q7Z494 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
NPHP3Q7Z494 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
NPHP3Q7Z494 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
NPHP3Q7Z494 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
NPHP3Q7Z494 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
NPHP3Q7Z494 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms