Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP53Q70EK8 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms