Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.83
VPS28Q9UK41 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.9 ms