Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
ZNF541Q9H0D2 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
ZNF541Q9H0D2 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC23.64■■□□□ 1.38
ZNF541Q9H0D2 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms