Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms