Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC15.21■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms