Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms