Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC87Q9NVE4 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms