Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC112Q8NEF3 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms