Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
NPHP3Q7Z494 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
NPHP3Q7Z494 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
NPHP3Q7Z494 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
NPHP3Q7Z494 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
NPHP3Q7Z494 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
NPHP3Q7Z494 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
NPHP3Q7Z494 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
NPHP3Q7Z494 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
NPHP3Q7Z494 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC26.89■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC26.89■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC26.86■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
NPHP3Q7Z494 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.6 ms