Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
USP4Q13107 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
USP4Q13107 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
USP4Q13107 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
USP4Q13107 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.9
USP4Q13107 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
USP4Q13107 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
USP4Q13107 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
USP4Q13107 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
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