Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL9A1P20849 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A1P20849 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms