Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A1P12109 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.4 ms