Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
CHMP4AQ9BY43 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms