Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms