Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXA4Q00056 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.9 ms