Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CYCSP1-201ENST00000604815 315 ntBASIC9.14□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 AL021918.2-201ENST00000613415 194 ntBASIC9.14□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 AC092375.1-202ENST00000639452 404 ntTSL 3 BASIC9.14□□□□□ -0.95
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TCOF1Q13428 AL353763.1-201ENST00000624467 1628 ntBASIC9.14□□□□□ -0.95
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TCOF1Q13428 CR1-206ENST00000400960 6959 ntTSL 1 (best) BASIC9.13□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 CRYGS-201ENST00000307944 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.13□□□□□ -0.95
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TCOF1Q13428 CATSPER2P1-205ENST00000446479 419 ntTSL 1 (best) BASIC9.13□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 AC027026.1-201ENST00000532323 742 ntBASIC9.13□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 AP001893.1-201ENST00000532866 362 ntTSL 5 BASIC9.13□□□□□ -0.95
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TCOF1Q13428 AC005726.5-201ENST00000585189 298 ntTSL 5 BASIC9.13□□□□□ -0.95
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TCOF1Q13428 CTNND1-220ENST00000529526 6099 ntTSL 1 (best) BASIC9.12□□□□□ -0.95
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TCOF1Q13428 RPGRIP1L-202ENST00000379925 5297 ntTSL 1 (best) BASIC9.12□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 CAST-222ENST00000508579 1758 ntTSL 2 BASIC9.11□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 DDX24-209ENST00000621632 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.11□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 DAZ2-202ENST00000382306 3781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.11□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 MAPRE2-211ENST00000589699 4080 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC9.11□□□□□ -0.95
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TCOF1Q13428 CNR1-202ENST00000369499 5549 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.11□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 CLEC2D-203ENST00000290855 5279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.11□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 DEFB118-201ENST00000253381 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.11□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 TEX36-201ENST00000368821 922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.11□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 DAZ3-202ENST00000382365 3503 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC9.11□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 SNORA70-201ENST00000384436 135 ntBASIC9.11□□□□□ -0.95
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TCOF1Q13428 AC017074.2-201ENST00000439382 607 ntTSL 2 BASIC9.11□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 OTX2P1-201ENST00000450956 354 ntBASIC9.11□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 AL022319.1-201ENST00000458183 1167 ntBASIC9.11□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 RPS23P6-201ENST00000466136 431 ntBASIC9.11□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 AL035690.1-201ENST00000490892 383 ntBASIC9.11□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 NENFP3-201ENST00000503735 313 ntBASIC9.11□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 LINC01033-204ENST00000523194 715 ntTSL 2 BASIC9.11□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 AC009113.2-201ENST00000563182 403 ntTSL 3 BASIC9.11□□□□□ -0.95
TCOF1Q13428 MIR4301-201ENST00000577203 66 ntBASIC9.11□□□□□ -0.95
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