Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC23.89■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS53Q5VIR6 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.5 ms