Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP39Q53GS9 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms