Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC20.27■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.7 ms