Protein–RNA interactions for Protein: P52701

MSH6, DNA mismatch repair protein Msh6, humanhuman

Predictions only

Length 1,360 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH6P52701 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
MSH6P52701 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
MSH6P52701 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
MSH6P52701 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC27.58■■■□□ 2.01
MSH6P52701 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
MSH6P52701 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
MSH6P52701 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
MSH6P52701 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
MSH6P52701 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
MSH6P52701 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
MSH6P52701 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
MSH6P52701 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2
MSH6P52701 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
MSH6P52701 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
MSH6P52701 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
MSH6P52701 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
MSH6P52701 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
MSH6P52701 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
MSH6P52701 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
MSH6P52701 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC27.57■■■□□ 2
MSH6P52701 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC27.57■■■□□ 2
MSH6P52701 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
MSH6P52701 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC27.57■■■□□ 2
MSH6P52701 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
MSH6P52701 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
MSH6P52701 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
MSH6P52701 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
MSH6P52701 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
MSH6P52701 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
MSH6P52701 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
MSH6P52701 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC27.56■■■□□ 2
MSH6P52701 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
MSH6P52701 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
MSH6P52701 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
MSH6P52701 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
MSH6P52701 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
MSH6P52701 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
MSH6P52701 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
MSH6P52701 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
MSH6P52701 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
MSH6P52701 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
MSH6P52701 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
MSH6P52701 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
MSH6P52701 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
MSH6P52701 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
MSH6P52701 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
MSH6P52701 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC27.55■■■□□ 2
MSH6P52701 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
MSH6P52701 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
MSH6P52701 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
MSH6P52701 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC27.55■■■□□ 2
MSH6P52701 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC27.55■■■□□ 2
MSH6P52701 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
MSH6P52701 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
MSH6P52701 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
MSH6P52701 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
MSH6P52701 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
MSH6P52701 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
MSH6P52701 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
MSH6P52701 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
MSH6P52701 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
MSH6P52701 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
MSH6P52701 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
MSH6P52701 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
MSH6P52701 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
MSH6P52701 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
MSH6P52701 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
MSH6P52701 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
MSH6P52701 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC27.54■■■□□ 2
MSH6P52701 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC27.54■■■□□ 2
MSH6P52701 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
MSH6P52701 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
MSH6P52701 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
MSH6P52701 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
MSH6P52701 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC27.53■■■□□ 2
MSH6P52701 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
MSH6P52701 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
MSH6P52701 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
MSH6P52701 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
MSH6P52701 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
MSH6P52701 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
MSH6P52701 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
MSH6P52701 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
MSH6P52701 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
MSH6P52701 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
MSH6P52701 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
MSH6P52701 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC27.52■■■□□ 2
MSH6P52701 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC27.52■■■□□ 2
MSH6P52701 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC27.52■■■□□ 2
MSH6P52701 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
MSH6P52701 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
MSH6P52701 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
MSH6P52701 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
MSH6P52701 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
MSH6P52701 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
MSH6P52701 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
MSH6P52701 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
MSH6P52701 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
MSH6P52701 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
MSH6P52701 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms