Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC21.95■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A1P12109 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms