Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS39Q96JC1 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms