Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms