Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SYNE3Q6ZMZ3 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms