Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC30.05■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC30.05■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC30.05■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC30.05■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC30.05■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC30.04■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC30.03■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC30.03■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC30.03■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC30.02■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC30.01■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC30.01■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC30.01■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC30.01■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC29.99■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC29.99■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC29.99■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC29.99■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
TCOF1Q13428 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
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