Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A1P12109 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms