Protein–RNA interactions for Protein: A6NKD9

CCDC85C, Coiled-coil domain-containing protein 85C, humanhuman

Predictions only

Length 419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC85CA6NKD9 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC85CA6NKD9 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC85CA6NKD9 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms