Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.3 ms