Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.27■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms