Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP4Q13107 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP4Q13107 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP4Q13107 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP4Q13107 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP4Q13107 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP4Q13107 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP4Q13107 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP4Q13107 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC20.83■□□□□ 0.92
USP4Q13107 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP4Q13107 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP4Q13107 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP4Q13107 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP4Q13107 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP4Q13107 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP4Q13107 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP4Q13107 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP4Q13107 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP4Q13107 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
USP4Q13107 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP4Q13107 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP4Q13107 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP4Q13107 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
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