Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL18A1P39060 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms