Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL5A3P25940 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL5A3P25940 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL5A3P25940 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
COL5A3P25940 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL5A3P25940 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL5A3P25940 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
COL5A3P25940 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL5A3P25940 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL5A3P25940 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL5A3P25940 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL5A3P25940 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms