Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC9Q9Y3X0 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58 ms