Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS28Q9UK41 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms